(一)清代行政区划

据〔光绪〕《新疆志》和《新疆四道志》记载，新疆玛喇巴什厅辖地30个，其中，图木舒克市境内有新地庄（今四十四团境内）、赛子可庄(今四十四团境内)、艾哈塔木庄（今五十一团驻地东）、图木舒克庄（今五十一团驻地）、车底库勒庄（今五十一团唐托格拉克以北）、笔架生庄（今五十三团驻地）6个村庄。

据《新疆图志•建置志》记载，清末巴楚州将原来30个村庄合并为8个，领属小村75个，其中：下五台庄（领村9个）、上五台庄（领村19个）、阿瓦台庄（领村8个）的部分村庄在今图木舒克市境内。

（二）民国时期行政区划

1943年11月(民国32年)，巴楚县全面推行保甲制，全县分为1镇6乡58保1330甲。图木休克为民治乡，下辖8保123甲。

1944年（民国三十三年），巴楚实行乡、保、甲制，全县设1镇6乡58保。图木休克行政建制为6乡之一，称为民治乡，下辖8个保。

1943年11月(民国32年)，巴楚县全面推行保甲制，全县分为1镇6乡58保1330甲。图木休克为民治乡，下辖8保123甲。

（三）新中国成立后的行政区划

1950年7月，巴楚县在图木休克成立第三区政府，下辖唐王城乡、英买力乡、阿克塔木乡、唐托格拉克乡、夏河乡、齐干却勒一乡、齐干却勒二乡、皮恰克松地乡等8个乡政府。

1954年区划调整，将原来的6个区42个乡改为8个区54个乡。图木休克成为图木休克三区，唐土拉克称为唐土拉克四区。

1955年，巴楚县、乡人民政府改为县、乡人民委员会。唐土拉克区并入图木休克区。

1958年7月 巴楚县人民公社化，将全县6个区改为5个人民公社，图木休克区公所改为图木休克公社管理委员会，下辖英曼里管理区、阿克塔木管理区、皮恰克管理区、齐干却勒管理区、畜牧场、加工厂、糖厂。同年，自治区农垦厅在图木休克组建农场，图木休克为第一农场，巴楚县盖米里克农场划归农垦厅管理，改为图木休克第二农场。

1960年，自治区农垦厅在图木休克组建巴楚总场，原图木休克第一、第二分场改为巴楚总场一、二分场。

1961年，巴楚县行政区划调整为4个区，18个公社。图木休克为二区，下辖英买力、阿克塔木、齐干却勒、皮恰克松地、夏河5个公社和畜牧场、加工厂、糖厂。

1964年12月，巴楚县区划变动,将4个区改划为8个相当于区级的公社。图木休克是8个公社之一，下辖英曼里管理区、阿克塔木管理区、皮恰克管理区、齐干却勒管理区、畜牧场、加工厂、糖厂。

1965年3月，巴楚县图木休克公社与农垦厅图木休克垦区合并，成立农垦厅巴楚总场。图木休克公社的居民和土地，除夏河林场外，都划归垦区。总场下辖图木休克、英买力、唐托格拉克、齐干却勒、麻扎霍加、夏河、硝尔阔坦、皮恰克松地、盖米里克、小海子等10个分场，总场场部设在图木休克。

1965年3月  图木休克公社与自治区农垦厅巴楚总场合并，成立农垦厅图木休克总场。总场下辖图木休克、英买力、唐托格拉克、齐干却勒、麻扎霍加、夏河、硝尔阔坦、皮恰克松地、盖米里克、小海子10个分场，总场场部设在图木休克。

1969年2月24日 图木休克总场划归农三师建制，原总场所属分场改为团级农场建制。硝尔阔坦改为四十四团，盖米里克改为四十九团，麻扎霍加、夏河分场合改为五十团，图木休克分场、英买力分场、阿克塔木分场改为第五十一团，唐托格拉克分场、齐干却勒分场合改为五十二团，皮恰克松地分场改为五十三团，小海子水管处改建为水利工程团。

10月15日，图木休克总场永安坝修配厂改为师第二修配厂；农一师的下河畜牧场分别编入农三师副业队和五十团。

10月24日，小海子水库管理处与建筑工程二团合并为农三师水利工程团。

1975年5月，撤消农三师及其所属团场、单位转隶喀什地区领导,地区成立农垦局，负责各团场的业务管理。

1976年2月16日，小海子垦区相继撤团改称农场。

1982年3月4日，水工团划分为工程团与小海子水库管理处，归喀什地区农垦局管理。 

2002年7月，自治区确定图木休克市下辖四十四团、四十九团、五十团、五十一团、五十二团、五十三团、小海子水管处6团1处。市人民政府驻齐干却勒。