公元前60年（汉宣帝神爵二年）西汉政府在乌垒设西域都护府，今图木舒克市、巴楚县一带隶属西汉都护府管辖。

公元29年（东汉光武帝建武五年）莎车王康率傍国拒匈奴，河西大将军窦融承制立康为莎车建功怀德王、西域大都尉，今图木舒克市、巴楚县一带属莎车王管辖。

651年（唐高宗永徽二年） 瑶池都督阿史那贺鲁叛乱，安西四镇失陷，安西都护府撤回西州。今图木舒克市、巴楚县一带为阿史那贺鲁势力范围。

658年（唐高宗显庆三年） 唐朝平定西突厥阿史那贺鲁叛乱，以其地设昆陵、蒙池都护府，其所属诸国皆属州、府管辖，安西都护府后移龟兹。今巴楚一带设蔚头州（即今托库孜萨来古城），属龟兹都督府管辖。

893年（唐昭宗景福二年） 喀拉汗王朝奥古尔恰克（卡迪尔汗）与中亚萨曼王朝交战失利，迁都喀什噶尔。此后喀拉汗王朝不断扩大在塔里木盆地的势力范围。今图木舒克市一带为其领地。

960年（北宋太祖建隆元年） 喀拉汗王朝木萨•本•阿不都克里木汗（阿尔斯兰汗）定伊斯兰教为国教，今图木舒克市逐步伊斯兰化，其他宗教相继衰亡。

1218年（元成吉思汗十三年） 成吉思汗派部将，占领天山南路各城，今图木舒克市、巴楚县一带复归元朝统治。

1225年（元成吉思汗二十年)春，成吉思汗分封诸子，锡尔河以东的游牧区为察合台封地，今图木舒克市一带为察合台势力范围。

1514年（明武宗正德九年） 东察合台汗国阿黑麻汗之子萨亦德建立叶尔羌汗国，今图木舒克市、巴楚县一带属其管辖。

1759年（清乾隆二十四年） 平定大小和卓叛乱后，确立军台,成为官道。清政府自叶尔羌起，从南向北，由西向东沿路设立13个军台。今图木舒克市五十一团境内设图木舒克台（又称九台）。

1760年（清乾隆二十五年） 巴尔楚克设立六品阿奇木伯克（总理一地事）1员，并发给印，辖属叶尔羌办事大臣。后又添设七品明伯克（管辖千人）2员。其中1员为察特西林（今图木舒克市五十三团）伯克。

1884年 新疆建省，新疆军台改为驿站。在1911年出版的《新疆图志》中，图木舒克军台命名为图木舒克驿站。

1943年11月  巴楚县全面推行保甲制，全县分为1镇6乡58保1330甲。图木休克为民治乡，下辖8保123甲。

1950年4月，中共巴楚县委员会在全县设6个区，图木休克为三区，也叫图木休克区。

1958年7月 巴楚全县人民公社化，将全县6个区改为5个人民公社，原图木休克区公所改为图木休克公社管理委员会。下辖英曼里管理区、阿克塔木管理区、皮恰克管理区、齐干却勒管理区、畜牧场、加工厂、糖厂。

1960年，自治区农垦厅在图木休克组建巴楚总场，原图木休克第一、第二分场改为巴楚总场一、二分场。

1965年3月20日，巴楚县图木休克公社与农垦厅图木休克垦区合并，成立农垦厅小海子垦区。

1969年2月24日，图木休克总场及小海子水库划归农三师建制，原总场所属分场改为团级农场建制。10月15日，农三师正式接管图木休克总场及其分场。

1975年5月21日撤消兵团建制,农三师并入喀什地区,喀什地区成立农垦局，负责对各团场的管理。

1982年4月1日，恢复兵团建制,农三师即日起正式恢复办公和使用番号，小海子垦区所属团场又划归农三师领导。

1997年，中共中央下发《中共中央、国务院关于进一步加强新疆生产建设兵团工作的通知》，决定在兵团农三师小海子垦区建立图木休克市。

2002年9月17日,国务院批准设立自治区县级直辖市图木舒克市（中发［1997］17号文件中为图木休克市，根据地名从雅的惯例,兵团办公厅建议改为图木舒克市作为标准地名），市人民政府驻齐干却勒镇。师党委常委会议决定以2002年9月17日作为图木舒克市设立日。

2004年1月19日，图木舒克市举行成立挂牌仪式。

 （摘自图木舒克市政府网）