通常情况下，甲硝唑凝胶主要适用于炎性丘疹、脓疱疮、酒渣鼻的局部治疗等，也可以在临床上治疗阴道炎症，可以遵医嘱轻轻地用送药器插入阴道中，通常甲硝唑凝胶挤进去60分钟左右，再起身活动。尽量根据自身的情况决定活动的时间，避免对药物的吸收造成影响。
甲硝唑凝胶挤进去之后，多数情况下在30分钟左右能够自然吸收，但用药后不宜过早进行活动，否则可能会造成药物的脱落，影响吸收和治疗的效果。一般在用药后卧床休息60分钟左右再起身比较安全，等药物充分溶化和吸收后再活动，才能尽量减少对治疗效果的影响。在阴道使用甲硝唑凝胶的过程中，一定要注意保持阴部的清洁和卫生，不要盲目安排性生活，避免造成交叉感染。一般推荐在晚上睡觉前用药效果会比较好，能够让药物停留在阴道内的时间更长。
甲硝唑凝胶对细菌性感染和滴虫性感染效果比较好，用药一段时间后需要观察妇科炎症是否有所改善。等女性的白带逐渐恢复正常后，应该及时到医院妇科做分泌物细菌培养、尿常规等检查，判断妇科疾病是否已经恢复。治疗时间内不要饮酒，少吃辣椒等刺激性的食物，避免加重阴部不适的现象。